공제하는 매입세액과 공제받지 못할 매입세액

1. 공제하는 매입세액

(1) 사업과 관련된 매입세액

사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매입세액으로 공제한다. 자기의 사업을 위하여 재화를 수입하면서 부담한 부가가치세액도 공제한다. 매입세액은 재화나 용역을 공급받은 시기가 속하는 과세기간에 공제하여야 한다. 그 재화의 실제 사용 여부에 관계없이 재고자산이나 고정자산의 형태로 보유 중이더라도 공급받은 과세기간에 공제한다.

다만, 사업자가 실제로 부가가치세액을 부담하였더라도 이를 증명할 수 없으면 매입세액은 공제되지 아니한다. 이에 해당하는 증명은 세금계산서, 신용카드매출전표 등의 법적 증명서류로 하여야 한다.

 

(2) 의제매입세액

① 취지

돼지고기를 판매하는 정육점 주인은 면세사업자이므로 매장 임차료(부동산임대 용역은 과세)에 대해 부담한 매입세액을 공제받을 수 없다. 식당 주인이 이 정육점에서 돼지고기를 살 때에는 부가가치세를 부담하지 않는다. 식당 주인이 삼겹살을 소비자에게 팔면 부가가치세를 과세한다. 그런데 정육점 주인이 식당주인에게 판매한 돼지고기 가격에는 정육점 임차료가 포함되어 있고, 식당 주인이 소비자에게 판 삼겹살 가격에도 정육점 임차료가 포함되어 있다. 유통과정을 하나로 꿰뚫어 보면, 정육점 주인이 부담한 매장 임차료에 대한 부가가치세는 중복하여 과세되는 것을 알 수 있다. 정육점 주인이 매입세액을 공제받지 못함에 따라 한번 과세되고, 최종소비자가 삼겹살을 소비하면서 다시 과세된다. 면세사업자인 정육점 주인이 창출한 부가가치가 중간에 면세되었다가 다시 최종소비자 단계에서 과세된다.

부가가치세가 중복하여 과세되는 것을 누적효과라고 하고, 특정 거래단계에서 적용된 세액의 경감이 그다음 단계에서 다시 징수되어 국고에 환수되는 것을 환수효과(취소효과)라고 한다.

 

중복과세를 배제하기 위해, 「부가가치세법」은 면세되는 농산물 등을 구입한 자(식당주인)가 이를 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출된 용역이 과세되는 경우, 면세 농산물 등을 구입할 때에 부담한 매입세액이 없었더라도 그 면세 농산물 등에 포함된 매입세액이 있었다고 간주하고 매입세액을 공제하는데, 이를 의제매입세액공제라고 한다. 즉, 의제매입세액공제제도는 면세농산물 등에 포함되어 있는 부가가치세를 공제하여 농산물 등에 대한 면세효과를 최종소비자 부담에까지 그대로 유지하기 위한 것이다.

 

② 공제율과 한도

의제매입세액은 면세 농산물 등의 가액에 일정률(2/102부터 9/109 사이)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 공제율은 사업자가 개인인지 법인인지 여부, 사업자가 영위하는 업종 및 매출액 수준에 따라 달리 적용된다. 법인 사업자보다는 개인 사업자가 혜택이 크고, 개인 사업자 중에서도 음식점업을 영위하는 개인사업자에 대한 혜택이 가장 크다. 구체적인 공제율은 추후 세법을 본격적으로 공부할 때 알아두면 된다.

 

의제매입세액을 공제받는 자들이 허위 증명서류를 통해 의제매입세액을 과다하게 공제받는 경우가 많아 매출액의 일정비율 한도 내에서만 공제를 허용한다. 예를 들어, 음식점 매출액이 100일 때, 농산물 재료비가 70이라면, 이는 이치에 맞지 않다. 임차료와 인건비를 빼고 나면 남는 것이 없기 때문이다. 차라리 국가에서 장사하지 말라고 하는 것이 사업자를 돕는 길이다. 이에 따라 매출액 대비 일정비율(30% ~ 60%) 한도 내에서만 농산물 구입을 인정하고 의제매입세액공제를 허용한다.

 

③ 절차 및 사후관리

의제매입세액공제를 받기 위해서는 신청서를 작성하여 제출하여야 하며 계산서등 법정증명서류에 따라 매입내역을 입증하여야 한다. 다만, 제조업을 영위하는 자가 농어민으로부터 직접 농산물 등을 구입한 경우에는 계산서 등을 현실적으로 수취할 수 없는 점을 인정하여 예외로 한다.

의제매입세액은 구입시점에 공제하는데, 농산물 등을 구입하면서 의제매입세액으로 공제받은 후 이를 과세사업에 사용하지 않는 경우에는 공제받은 의제매입세액을 추징한다. 면세 농산물 등을 구입한 후 제조·가공하여 과세사업에 사용한 경우에만 공제하는 것이 원칙이기 때문이다.

 

2. 공제받지 못할 매입세액

사업자가 전단계사업자로부터 재화나 용역을 공급받으면서 거래징수당한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 원칙이다. 그러나 다음에 열거된 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

 

(1) 매입처별 세금계산서 합계표의 미제출

공급자(물건을 파는 자)는 공급받는 자(물건을 사는 자)에게 세금계산서를 발급한다. 「부가가치세법」 시행 초기에는 세금계산서를 4장 작성하여, 공급자와 공급받는 자가 각각 1장씩 보관하고, 공급자와 공급받는 자의 관할세무서에 각각 제출하였다. 관할세무서는 부가가치세 신고가 들어오면 세금계산서를 일일이 입력하고이를 서로 대조하였는데 이는 매우 힘든 작업이었다.

이를 개선하여 세금계산서를 2장만 작성하도록 하였다. 공급사와 공급받는 자는 세금계산서를 보관만 하고 이에 대한 표만을 제출하도록 하였다. 근래에는 전자세금계산서가 도입되어 공급자가 발급한 세금계산서를 국세청에 전송하면 보관의무까지 면제된다.

 

관할세무서는 세금계산서를 직접 제출받는 것이 아니라 세금계산의 집계 내역(매출처별 세금계산서합계표, 매입처별 세금계산서합계표)만 납세자로부터 제출받는다. 따라서 공급자가 세금계산서를 제대로 발급한 경우라도, 공급받는 자가 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않은 경우에는 매입세액을 공제하지 않는다. 또한, 매입처별 세금계산서합계표를 제출하였더라도 거래처별 등록번호나 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 않거나 사실과 다르게 적힌 경우에도 매입세액을 공제하지 않는다. 매입세액을 공제하지 않은 이유는 세금계산서의 관리 그 자체가 중요하기 때문이다. 「부가가치세법」이 가지는 상호검증기능을 방해한 것에 대한 일종의 제재로 볼 수 있다.

 

사업자가 적법하게 세금계산서를 수취하였음에도 불구하고 단지 매입처별 세금계산서를 제출하지 않았다는 이유만으로 매입세액을 공제하지 않는 것은 지나치게 가혹한 측면이 있다. 이에 따라 추후에 수정신고, 경정청구 또는 과세관청이 경정할 때에 매입처별 세금계산서합계표를 제출하면 매입세액을 공제한다.

 

(2) 세금계산서 미수취 등 매입세액

공급자로부터 세금계산서를 발급받지 않거나 발급받은 세금계산서의 주요 내용(필요적 기재사항)이 적히지 않거나 사실과 다르게 적힌 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다. 세금계산서는 부가가치세 제도의 근간을 이루고 있기 때문에 잘못된 세금계산서를 수취한 경우에는 일종의 행정상의 제재로 매입세액을 공제하지 않는다.

그러나 실제로 매입세액을 부담하였음에도 불구하고 형식상 문제로 인하여 무작정매입세액을 공제하지 않는 것은 납세자에게 가혹한 측면이 있다. 따라서 일부의 착오가 있더라도 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실을 확인할 수 있거나, 발급시기가 공급시기와 맞지 않더라도 같은 과세기간의 확정신고기한까지 발급한 경우에는 매입세액공제를 허용한다.

 

특히 실무상 중요한 것 중에 하나는 실제로 공급한 자가 아닌 자가 발급한 세금계산서이다. 이 경우 공급받은 자가 공급자가 실제 사업자가 위장사업자라는 것을 몰랐고, 그에 따른 과실이 없는 경우(선의·무과실)에는 매입세액공제를 허용한다.

 

(3) 사업과 관련 없는 매입세액

사업자가 소비자를 대신하여 부담한 경우에만 매입세액을 공제하여야 하므로, 사업과 무관한 매입세액은 사업자가 소비자의 지위에서 소비한 것과 다를 바 없어 공제하지 않는 것이 당연하다. 이를 굳이 법에 규정할 필요가 없으므로 일종의 화인적 규정으로 해석함이 타당하다.

 

(4) 비영업용 소형승용차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

운수업, 자동차판매업, 자동차임대업, 운전학원 등의 업종을 영위하는 사업자가 소형승용차를 직접 영업에 사용하는 경우 소형승용차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액은 공제한다. 그러나 이러한 업종을 영위하지 않는 사업자의 소형승용차는 일률적으로 사업에 직접 관련이 없는 것으로 간주하여 그 구입, 임차 및 유지에 관련된 매입세액은 공제하지 않는다. 이는 소형승용차를 실제 사업에 사용하였는지 여부가 불분명하여 납세자와 과세관청 사이에 마찰의 소지가 있어 일률적으로 공제하지 않기로 정한 것이다.

 

(5) 접대비 등 관련 매입세액

접대비 관련 매입세액은 사업 관련성이 분명치 않다. 접대비는 소비성 경비로 그 지출을 장려할 만한 것도 아니다. 「법인세법」이나「소득세법」은 사업자가 지출한 접대비 중 일정 한도를 두고 이를 넘는 금액은 비용으로 인정하지 않는다. 「부가가치세법」은 한 발 더 나아가 접대비 관련 매입세액을 전부 공제하지 않는다.

 

(6) 면세사업 등 관련 매입세액

면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다. 면세사업자는 부가가치세법」상 최종소비자와 같이 간주되기 때문이다. 다만, 공제받지 못한 매입세액은 필요경비 또는 취득자산의 원가에 산입 된다. 면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액도 공제되지 않는다. 추후 해당 재화를 공급할 때 면세될 것이기 때문에 이에 대한 투자(자본적 지출 포함) 관련 매입세액도 공제하지 않는다.

토지는 면세이므로 토지를 구입할 때 매입세액은 없으나, 토지의 가치를 증가시키기 위한 공사비 등(예를 들면, 토지를 평탄하게 하는 작업)의 매입세액은 발생할 수 있다. 해당 토지를 양도할 때 면세이므로 공사비도 매입세액으로 공제받을 수없다.

 

(7) 사업자등록 전 매입세액

사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다. 사업자등록을 신청하기 전에는 사업을 준비하고 있더라도 일반 소비자의 지위와 같기 때문이다. 다만, 사업자등록 신청 전이라도 사업 준비기간 중에 발생하는 초기 투자비용에 대한 매입세액을 공제하기 위하여, 예외적으로 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청한 경우 등록 신청일로부터 공급시기가속하는 과세기간 기산일(1월 1일 또는 7월 1일)까지 역산한 기간 내의 것을 매입세액으로 공제한다.